Der Magen-Darmtrakt hat als Hauptaufgabe die Verdauung der aufgenommenen Nahrung. Hierbei spielen zum einen die Verdauungsenzyme eine wichtige Rolle, zum anderen aber auch die nährstoffspaltenden Mikroorganismen der Darmflora. Ein ausgeglichenes Milieu im Magen-Darmtrakt hat jedoch nicht nur eine Bedeutung bei der Nährstoffaufnahme, sondern wirkt sich auch in bedeutendem Maße auf das Immunsystem aus. Die Zusammenhänge zwischen Darm und Immunsystem werden zurzeit intensiv erforscht, und viele Erkenntnisse daraus fließen in die Beurteilung der Entstehung und Behandlung von Krankheiten ein.
In der Naturheilkunde steht die Darmgesundheit oft im Fokus. Darmsanierungen sollten neben Probiotika auch verdauungsfördernde Homöopathika oder Phytotherapeutika einschließen, um den langfristigen Erfolg zu sichern. Auch das Zwischenspiel von Psyche und Magen-Darm-Trakt ist naturheilkundlichen Therapien leicht zugänglich. Durch Stress getriggerte Appetitlosigkeit oder Diarrhoe sind nicht selten. Hier können neben enspannungsfördernden Maßnahmen und einer gesunden, ausgewogenen Ernährung Komplexpräparate sinnvoll sein, die neben Wirkstoffen wie z. B. Argentum nictricum, die nach homöopathischem Verständnis vegetative Verspannungen lösen, auch verdauungsfördernde Bestandteile wie Wermut oder Basilikum enthalten. Ein Kardinalmittel zur Behandlung von nervösen Magen-Darm-Beschwerden ist Nux vomica.
Bei einer „Magen-Darm-Grippe“ handelt es sich um eine virale Gastroenteritis – eine (fieberhafte) Entzündung der Magen- bzw. Darm-Schleimhaut. Je nach Krankheitserreger können Rücken- und Gliederschmerzen, Kopfschmerzen und Schnupfen etc. auftreten. Häufig ist dabei der Blutdruck erniedrigt, und es besteht eine allgemeine Mattigkeit.